מחלקתנו חוקרת את יחסי הגומלין בין צמחים ומיקרובים לבין סביבתם. מחקרים שונים עוסקים בהשפעות חיוביות ושליליות של תנאי עקה ביוטיים (מחוללי מחלות, סימביוזה) ותנאי עקה אביוטיים (טמפרטורה, מליחות, חמצון) על צמחים ומיקרובים, ותפקידם בהסתגלות אורגאניזמים לתנאים סביבתיים מנוגדים.
