מתחת לבריכות הטבעיות של גן השלושה (סחנה), נחשפה רשת מנהרות תת-קרקעיות מימי הביניים - עדות נדירה לחדשנות ההנדסית של האימפריה הממלוכית ולתעשיית הסוכר המשגשגת שפעלה בעמק בית שאן במאות ה־14–15 לספירה.
המחקר, שפורסם בכתב העת Water History , נערך על ידי צוות רב-תחומי בראשות פרופ’ עמוס פרומקין מהמכון למדעי כדור הארץ באוניברסיטה העברית בירושלים, בשיתוף ד"ר עזריאל יחזקאל, דרור סגל וד"ר ינון שבטיאל. הצוות זיהה מערכת מורכבת של מנהרות מים חצובות בסלע טופה רך לאורך נחל עמל (האסי), ששימשו ככל הנראה להפעלת טחנות סוכר מתקופת שלטון הממלוכים.
באמצעות תיארוך רדיומטרי באורניום–תוריום של נטיפים שנוצרו לאחר חציבת המנהרות, קבעו החוקרים כי המנהרות נחצבו ככל הנראה במאות ה־14–15 לספירה – תקופת שיא תעשיית הסוכר בעמק בית שאן, אז נחשב האזור למרכז חשוב לגידול קנה סוכר ולייצואו ברחבי המזרח התיכון.